Improved detection of antibiotic resistance spread in wastewater and river microbiomes via fractionation-based short-read metagenomics
Insgesamt wurden 36 Proben aus klinischem und kommunalem Abwasser (Köln und Bonn), aus Abwasser eines Geflügelschlachthofs (Niedersachsen) sowie aus Oberflächenwasser des Rheins (Bonn) entnommen. Um die Verbreitung von Antibiotikaresistenzgenen besser nachweisen und untersuchen zu können, wurde eine fraktionierungsbasierte Extraktionsmethode verwendet, bei der extrazelluläre, intrazelluläre bakterielle DNS sowie Phagen-DNS extrahiert wurden. Insgesamt wurden 67 Proben mithilfe der Kurzlese-Metagenom-Sequenzierungstechnik (Illumina) sequenziert.