{"id":129689,"date":"2026-06-03T11:00:28","date_gmt":"2026-06-03T09:00:28","guid":{"rendered":"https:\/\/www.dbu.de\/moe-fellowship\/30025-017\/"},"modified":"2026-06-03T11:00:29","modified_gmt":"2026-06-03T09:00:29","slug":"30025-017","status":"publish","type":"moe-fellowship","link":"https:\/\/www.dbu.de\/en\/moe-fellowship\/30025-017\/","title":{"rendered":"Improved detection of antibiotic resistance spread in wastewater and river microbiomes via fractionation-based long-read metagenomics"},"content":{"rendered":"<p><strong>Improved detection of antibiotic resistance spread in wastewater and river microbiomes via fractionation-based short-read metagenomics<\/strong><\/p>\n<p>Insgesamt wurden 36 Proben aus klinischem und kommunalem Abwasser (K\u00f6ln und Bonn), aus Abw\u00e4ssern von Gefl\u00fcgelschlachth\u00f6fen (Niedersachsen) sowie aus Oberfl\u00e4chenwasser des Rheins in Bonn entnommen. Um die Ausbreitung von Antibiotikaresistenzgenen besser detektieren und untersuchen zu k\u00f6nnen, wurde eine fraktionierungsbasierte Extraktionsmethode angewandt, bei der extrazellul\u00e4re, intrazellul\u00e4re bakterielle DNA sowie Phagen-DNA isoliert wurden. Insgesamt wurden 61 Proben mittels Short-Read-Metagenomsequenzierung (Illumina) analysiert.<\/p>\n<p>Taxonomisch wiesen die klinischen und kommunalen Abwasserproben die gr\u00f6\u00dften \u00c4hnlichkeiten auf und clusterten deutlich getrennt von den Schlachthofproben. W\u00e4hrend sich die intrazellul\u00e4re Fraktion als am zuverl\u00e4ssigsten f\u00fcr die Darstellung des gesamten potenziellen Resistoms der Proben erwies, deutete die Analyse der extrazellul\u00e4ren und der Bakteriophagen-Fraktion auf horizontalen Gentransfer innerhalb spezifischer Resistenzgenfamilien hin. Proben aus dem K\u00f6lner Krankenhaus zeigten ein gro\u00dfes Potenzial f\u00fcr die Genverbreitung mittels Transduktion. Resistenzgene gegen Glycopeptide, Fluorchinolone und Tetracycline wurden an jedem Probenahmeort und in jeder Fraktion nachgewiesen \u2013 sogar im Oberfl\u00e4chenwasser des Flusses. Dies deutet auf ein massives Potenzial f\u00fcr den Genumsatz und die Ausbreitung durch horizontalen Gentransfer in diesen Umgebungen hin, welches allein durch die Analyse der intrazellul\u00e4ren Fraktion nicht h\u00e4tte identifiziert werden k\u00f6nnen.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Improved detection of antibiotic resistance spread in wastewater and river microbiomes via fractionation-based short-read metagenomics Insgesamt wurden 36 Proben aus klinischem und kommunalem Abwasser (K\u00f6ln und Bonn), aus Abw\u00e4ssern von Gefl\u00fcgelschlachth\u00f6fen (Niedersachsen) sowie aus Oberfl\u00e4chenwasser des Rheins in Bonn entnommen. Um die Ausbreitung von Antibiotikaresistenzgenen besser detektieren und untersuchen zu k\u00f6nnen, wurde eine fraktionierungsbasierte Extraktionsmethode [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"template":"","meta":{"footnotes":""},"categories":[],"tags":[2470],"class_list":["post-129689","moe-fellowship","type-moe-fellowship","status-publish","hentry","tag-baltikum"],"meta_box":{"dbu_stipendiaten_az":"30025\/017","dbu_stipendiaten_anrede":"","dbu_stipendiaten_nachname":"Labecka","dbu_stipendiaten_vorname":"Linda","dbu_stipendiaten_titel":"","dbu_stipendiaten_fbeginn":"2025-02-05 00:00:00","dbu_stipendiaten_fende":"2026-02-04 00:00:00","dbu_stipendiaten_e_anschrif":"Research Center One Health Ruhr University Alliance Ruhr","dbu_stipendiaten_betreuer":"Prof. Dr. Alexander Probst","dbu_stipendiaten_email_dienst":"labecka.linda@gmail.com"},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dbu.de\/en\/wp-json\/wp\/v2\/moe-fellowship\/129689","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dbu.de\/en\/wp-json\/wp\/v2\/moe-fellowship"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dbu.de\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/moe-fellowship"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dbu.de\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/www.dbu.de\/en\/wp-json\/wp\/v2\/moe-fellowship\/129689\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":130474,"href":"https:\/\/www.dbu.de\/en\/wp-json\/wp\/v2\/moe-fellowship\/129689\/revisions\/130474"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dbu.de\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=129689"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dbu.de\/en\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=129689"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dbu.de\/en\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=129689"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}